Pomysł stworzenia NJCAA narodziła się w 1937 roku.Grupa osób związana z działalnością junior collegów uznała, że warto stworzyć organizację, która by promowała i nadzorowała narodowe rozgrywki sportowe junior collegów. Rok później pomysł został zaakceptowany i powstanie organizacji NJCAA stało się faktem. Początkowo odbywały się jedynie rozgrywki w lekkiej atletyce a koszykówka musiała trochę poczekać. Dopiero w 1945 roku zorganizowano invitational tournament, który dwa lata później przekształcił się w ogólnokrajowy turniej a wiele collegów z różnych zakątków Stanów Zjednoczonych domagało się zaproszenia na ten turniej. W tym samym roku stworzono program koszykarski. Rok 1947 jest ważny w historii NJCAA nie tylko z uwagi na powstanie rozgrywek koszykówki ale tez z powodu podziału ligi na 16 regionów. W 1955 roku powstało biuro zajmujące się statystykami i od tego roku po każdym sezonie wybiera się najlepszych zawodników rozgrywek w postaci zestawienia All-American Junior College Basketball Teams. Kolejnym ważnym etapem rozwoju ligi było rozpoczęcie współpracy z liga NAIA i związkiem sportowym szkól średnich (NFSHSAA) a także wejście w struktury Amerykańskiej Federacji Koszykówki. W 1968 roku dodano trzy nowe regiony (w sumie już 19) a liczba collegów stowarzyszonych w NJCAA wzrosła do 419 (trzy lata później było już 21 regionów). W kolejnych latach liczba uniwersytetów wchodząca w skład NJCAA stale rosła. Po spotkaniu szefów ligi w Des Moines w stanie Iowa wprowadzono podział na dywizje. Od sezonu 1991/1992 w rozgrywkach męskiej żeńskiej koszykówki istniały więc trzy dywizje. Pod koniec lat 90-tych NJCAA weszła w skład kolacji „Citizenship Through Sports Alliance”, której celem jest promowanie etycznych zachowań w sporcie a w skład tego stowarzyszenia wchodzą m.in. NBA, NFL, NHL, MLB i NCAA.